home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00554 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.6 KB  |  53 lines
  1. *****************************************************************
  2. * Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signatures *
  3. *****************************************************************
  4.  
  5. Respiratory-chain NADH dehydrogenase (EC 1.6.5.3) [1,2] (also known as complex
  6. I  or  NADH-ubiquinone  oxidoreductase) is  an  oligomeric  enzymatic  complex
  7. located in  the  inner mitochondrial membrane  which  also  seems  to exist in
  8. the chloroplast and in cyanobacteria (as a NADH-plastoquinone oxidoreductase).
  9. Among the 25 to 30 polypeptide  subunits  of  this bioenergetic enzyme complex
  10. there is one  with a  molecular  weight  of  75 Kd (in mammals),  which is the
  11. largest subunit  of complex I  and  is  a  component  of  the iron-sulfur (IP)
  12. fragment of the enzyme.  It  seems  to bind to two 4Fe-4S clusters (called N-3
  13. and N-4).
  14.  
  15. It has been  shown [3] that  the  75 Kd subunit  is  highly similar to subunit
  16. gamma of the NAD-reducing hydrogenase  of  Alcaligenes eutrophus (EC 1.12.1.2)
  17. (gene hoxU)    which    also    binds    two   4Fe-4S clusters. The Paracoccus
  18. denitrificans NQO3 and Escherichia coli nuoG subunits also belong to this
  19. family [4].
  20.  
  21. The 75 Kd subunit and the bacterial  hydrogenase  gamma subunit contains three
  22. conserved clusters of  cysteine  residues  which are most probably involved in
  23. the binding of the iron-sulfur clusters.  We have developed signature patterns
  24. for these three regions.
  25.  
  26. -Consensus pattern: P-x(2)-C-[YW]-x(7)-G-x-C-R-x-C
  27.                     [The three C's are putative 4Fe4S ligands]
  28. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  29. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  30.  
  31. -Consensus pattern: C-P-x-C-[DE]-x-[GS](2)-x-C-x-L-Q
  32.                     [The three C's are putative 4Fe4S ligands]
  33. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  34. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  35.  
  36. -Consensus pattern: R-C-[LIVM]-x-C-x-R-C-[LIVM]-x-F
  37.                     [The three C's are putative 4Fe4S ligands]
  38. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  39.  for NQO3 and nuoG.
  40. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  41.  
  42. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  43.  
  44. [ 1] Ragan C.I.
  45.      Curr. Top. Bioenerg. 15:1-36(1987).
  46. [ 2] Weiss H., Friedrich T., Hofhaus G., Preis D.
  47.      Eur. J. Biochem. 197:563-576(1991).
  48. [ 3] Preis D., Weidner U., Conzen C., Azevedo J.E., Nehls U., Roehlen D.-A.,
  49.      van der Pas J.C., Sackmann U., Schneider R., Werner S., Weiss H.
  50.      Biochim. Biophys. Acta 1090:133-138(1991).
  51. [ 4] Weidner U., Geier S., Ptock A., Friedrich T., Leif H., Weiss H.
  52.      J. Mol. Biol. 233:109-122(1993).
  53.